The story takes place in Seoul, 2011. Lee Yoon-sung is a talented MIT-graduate who's working on the international communications team at the Blue House. He encounters dangerous situations while solving a variety of cases, both big and small, for people who need his help, and eventually becomes a "city hunter."

อี ยูนซอง ถูกลักพาตัวจากแม่ตั้งแต่ยังเด็ก เขาถูกเลี้ยงดูอยู่ในสภาพแวดล้อมที่มีแต่ความอันตราย และเข้าใจว่าแม่ตายไปแล้ว เขาถูกเลี้ยงดูโดย อี จุนพโย พ่อเลี้ยงซึ่งเป็นเพื่อนของพ่อ ผู้ที่เคยร่วมทีมปฏิบัติภารกิจลับด้วยกัน แต่ทั้งทีมกลับถูกหักหลังจากกลุ่มผู้มีอำนาจ จนเสียชีวิตเกือบยกทีม เหลือเพียง จุนพโย คนเดียวเท่านั้นที่รอดชีวิตเพราะพ่อแท้ ๆ ของ ยูนซอง เอาชีวิตปกป้องเขาไว้ จุนพโย จึงเก็บความแค้นนั้นไว้ และเลี้ยงดู ยูนซอง ให้เป็นชายหนุ่มที่เติบโตขึ้นด้วยความแข็งแกร่ง โดยฝึกฝนการต่อสู้ทุกรูปแบบ

ยูนซอง ได้ช่วยเหลือชายเกาหลีคนหนึ่งจากกลุ่มอันธพาล และพาชายคนนั้นมาอยู่ที่บ้าน ทำให้ ยูนซอง ได้เห็นภาพสาวน้อยน่ารักคนหนึ่งจากชายคนนั้น และแอบหลงรักสาวน้อยในภาพนั้น วันหนึ่งกลุ่มอันธพาลเหล่านั้นกลับมาบุกถล่มบ้านของเขาจนยับเยิน ทำให้แม่นมของเขาตายและพ่อเลี้ยงของเขาได้รับบาดเจ็บจนเกือบเสียชีวิต พ่อเลี้ยงของเขาจึงเล่าเรื่องราวทั้งหมดให้ ยูนซอง ฟัง ทำให้ ยูนซอง เปลี่ยนตัวเองเป็นคนใหม่ และกลับไปที่เกาหลี เพื่อแก้แค้นให้พ่อ โดยเขาต้องปิดบังตัวตนที่แท้จริงมิฉะนั้นคนรอบข้างเขาจะได้รับอันตราย และมีคติประจำใจว่า อย่าไว้ใจใคร และอย่าหลงรักใคร

ยูนซอง เจอกับ คิม นานา ด้วยเหตุบังเอิญ ที่ นานา มาเป็นคนรับจ้างขับรถให้เขา เพราะต้องหาเงินรักษาพ่อที่ป่วย แต่เธอดันลืมโทรศัพท์ไว้ในรถ ทำให้ ยูนซอง รู้ว่าพ่อของ นานา ป่วยหนัก และเขาจึงออกค่ารักษาพยาบาลทั้งหมดให้ แต่ นานา ไม่อยากรับการช่วยเหลือฟรี จึงตกลงรับจ้างขับรถให้เขาจนกว่าจะใช้หนี้หมด

นานา ได้รับการคัดเลือกเข้าเป็นทีมรักษาความปลอดภัยในทำเนียบประธานาธิบดี และได้รับมอบหมายภารกิจแรกคือการปกป้อง ชอย ดาเฮ ลูกสาวประธานาธิบดีจอมเอาแต่ใจ ส่วน ยูนซอง ซึ่งจบด๊อกเตอร์จากสถาบัน MIT สถาบันชื่อดังของสหรัฐอเมริกาก็ได้เข้ามาทำงานที่ทำเนียบประธานาธิบดี เขาทำงานให้กับทีมของ Blue Hous เป็นเจ้าหน้าที่ด้านข้อมูลและการสื่อสารเช่นกัน ด้วยความหล่อเหลาและสมบูรณ์แบบ ดาเฮ จึงให้ความสนใจกับ ยูนซอง เป็นพิเศษ

ยูนซอง เริ่มภารกิจการแก้แค้น นักการเมืองทั้ง 5 ที่มีส่วนทำร้ายพ่อแท้ ๆ และพ่อเลี้ยงของเขา ซึ่งหนึ่งในนั้น มีตำแหน่งเป็นถึงประธานาธิบดี โดยเขาเริ่มวางแผนตามหาและจัดการทีละคน เริ่มจากคนแรก โดยการเปิดโปงความชั่วร้ายให้สาธารณชนได้รับรู้ และนำส่งให้กับอัยการ คิม ยองจู อัยการหนุ่มผู้ที่คอยสืบคดีเหล่านี้อยู่ แต่สิ่งที่พ่อเลี้ยงของเขาต้องการคือการให้ ยูนซอง ฆ่าทุกคนทิ้ง แต่ ยูนซอง ไม่อยากฆ่าคนเหล่านั้น แต่ต้องการให้คนเหล่านั้นมีชีวิตที่เจ็บปวดก็เพียงพอ ส่วนภารกิจของหัวใจ ยูนซอง ยังมีคู่แข่งหัวใจคือ อัยการ ยองจู ซึ่งตกหลุมรัก นานา เช่นกัน ความสัมพันธ์ของเขาทั้ง 3 จะเป็นอย่างไร ติดตามชมได้ใน City Hunter ซิตี้ฮันเตอร์