ในช่วงที่โลกเต็มไปด้วยเทคโนโลยีอันล้ำสมัย กลับเกิดหายนะบางอย่างขึ้น คือ บริษัท Smart Brain ทดลองผ่าตัดมนุษย์ทำให้กลายพันธุ์เป็น ออร์เฟนอค สิ่งมีชีวิตที่มุ่งยึดครองโลกเป็นของตน มีพละกำลัง แข็งแรงกว่ามนุษย์ทั่วไป การจัดการต้องพึ่งพลังของเข็มขัดไฟซ์ ซึ่งผู้ครอบครองในช่วงแรกคือ โซโนดะ มาริ ลูกสาวของประธานบริษัท Smart Brain คนก่อน แต่ด้วยร่างกายที่ไม่เหมาะสม ทำให้เธอไม่สามารถใช้เข็มขัดนี้ต่อสู้กับเหล่าออร์เฟนอคได้ ทว่าเธอบังเอิญพบกับ ทาคุมิ ชายหนุ่มผู้มุ่งตามหาความฝัน ด้วยนิสัยแสนซื่อ ตรงไปตรงมาและความเป็นห่วงเพื่อนมนุษย์ มาริจึงตัดสินใจมอบเข็มขัดไฟซ์ให้ทาคุมิใช้กำราบเหล่าออร์เฟน็อค ทั้งสองต้องพบเจอกับปัญหาและอุปสรรคอีกมากมาย จนกว่าจะปกป้องโลกใบนี้ให้พ้นจากเงื้อมมือออร์เฟนอค