โดราเอมอน ตอน โนบิตะกับตำนานยักษ์พฤกษา นี้เริ่มต้นขึ้นจากการที่โนบิตะไปเก็บเอาต้นอ่อนจากภูเขาหลังโรงเรียนและใช้ยาวิเศษของโดราเอมอนทำให้ต้นอ่อนเคลื่อนไหวและพูดเองได้เหมือนมนุษย์ โนบิตะตั้งชื่อให้ว่า "คีโบ" วันหนึ่งเมื่อทุกคนพากันไปที่ภูเขาหลังโรงเรียนจู่ๆก็มีน้ำวนยักษ์ปรากฏขึ้นมา แล้วก็ดูดพวกโนบิตะเข้าไปและพาพวกเขาไปยังโลกอันแสนประหลาดที่มีต้นไม้ยักษ์แผ่กิ่งก้านสาขากว้างใหญ่ที่มีชื่อว่า "ดาวแห่งสีเขียว"ซึ่งมีพวกพืชที่มีวิวัฒนาการจนสามารถพูดได้เหมือน อย่างคีโบปกครองอยู่โดยมีเจ้าหญิงรีเรเป็นผู้นำและอำมาตย์ใหญ่ชีร่าเป็นผู้วางแผนลับเพื่อปกป้องอนาคตข