Lain—driven by the abrupt suicide of a classmate—logs on to the Wired and promptly loses herself in a twisted mass of hallucinations, memories, and interconnected-psyches.
เรื่องราวเริ่มต้นด้วยความตายปริศนาของโยโมดะ ชิสะ นักเรียนคนหนึ่งที่โดดลงมาจากตึก หลังจากที่เกิดเหตุการณ์วันนั้น ทุกคนที่อยู่ในชั้นเรียนเดียวกับเธอ ได้รับอีเมลปริศนาที่ส่งมาจากคนที่ตายไปแล้ว สร้างความแตกตื่นให้กับนักเรียนและเพื่อนของเธอเป็นอย่างมาก ยกเว้นอิวาคุระ เลน (Iwakura Lain) เด็กนักเรียนอายุ 14 ผู้เขินอาย ไม่กล้าเข้าสังคมจึงไม่มีเพื่อนในชั้นเรียน ไม่สันทัดเรื่องเทคโนโลยีเท่าคนอื่น เธอไม่รู้เรื่องว่ามีใครส่งอีเมลเข้ามา เธอนึกขึ้นได้ว่าเคยเจอกับชิสะคนนั้นหนึ่งครั้งจากการเดินกลับบ้านด้วยกัน ทำให้เธอเริ่มสนใจจนเข้าไปดูอีเมลอันนั้น เนื้อหาเกี่ยวกับการละทิ้งร่างกายของตัวเองเพื่อเข้าไปอยู่ในโลกของ The Wired โลกออนไลน์ที่เหมือนกับอินเทอร์เน็ต เพราะพระเจ้าของเธออยู่ที่นั่น นั่นคือจุดเริ่มต้นของการผจญภัยของเลนในโลกใบใหม่ที่แสนกว้างใหญ่และชวนสับสนจนสิ้นหวัง