ผีสามบาทแบ่งออกได้เป็น 3 เรื่อง ดังนี้ 1> ท่อนแขนนางรำ โหงด (ปราโมทย์ แสงศร) ชายหน้าตาอัปลักษณ์คนหนึ่งแอบหลงรัก ผกา (พิมพ์ศิริ พิมพ์ศรี) ซึ่งเป็นนางรำยิ่งชีวิต หากแต่เมื่อผกามีชายอื่นมาติดพันจนถึงขั้นหมั้นหมาย เขาจึงทำการตัดแขนเธอนำไปซ่อนไว้ในกลอง และลอกผิวหนังทำเป็นหนังกลอง หากเรื่องราวไม่จบเพียงแค่นั้น เมื่อวิญญาณของเธอยังวนเวียนผูกพันข้ามมาถึงปัจจุบันพร้อมกับกลองใบนั้น กรุงเทพฯ ในปี พ.ศ. 2544 เจี๊ยบ (พิมพ์ศิริ พิมพ์ศรี) หญิงสาวนักค้าและสะสมวัตถุโบราณ ได้รับกลองโบราณ อายุ 70 ปีใบหนึ่งมาโด บังเอิญ สิ่งที่ตามมาด้วยคือความฝันอันแปลกประหลาด และเสียงร้องคร่ำครวญของผู้หญิงคนหนึ่งในยาค่ำคืน เจี๊ยบสงสัยว่า สาเหตุของเรื่องแปลก ๆ ทั้งหมดน่าจะมาจากกลอง จึงเริ่มต้นค้นคว้าหาที่มาของกลอง และทำให้เธอได้รู้ความจริงอันเจ็บปวดที่เกิดขึ้นและเคยผูกพันกับเธอมาก่อน เมื่อเกือบ 70 ปีที่แล้ว 2> น้ำมันพราย แพน (ดาหวัน สิงห์วี) หญิงสาววัยเบญจเพส ใช้ชีวิตอย่างโดดเดี่ยวและอ้างว้าง เหมือนคนเมืองทั่วไปอีกหลายล้านคนในกรุงเทพฯ แพนกำลังแสวงหาความรักจากผู้ชาย ที่สามารถพาเธอให้หลุดจากโลกที่น่าเบื่อนี้ไปสู่วันใหม่ที่ดีกว่าของชีวิต แล้ววันหนึ่งเธอก็ได้พบกับทางลัด เมื่อเพื่อนใหม่คนหนึ่งแนะนำให้เธอใช้น้ำมันพราย ของที่ได้จากการทำพิธีกรรมลี้ลับทางไสยศาสตร์ โดยพวกหมอผี แพนใช้น้ำมันพราย เพื่อทำเสน่ห์ให้ผู้ชายที่เคยมองผ่านเธอหันกลับมาหลงใหล และตกเป็นทาสของเธอ โดยที่เธอไม่รู้เลยว่า มันไม่ต่างไปจากยาเสพย์ติด ที่มีทั้งคุณและโทษ เมื่อเธอเริ่มใช้มันมากขึ้นจนสุดท้ายคนที่จะกลายเป็นเหยื่อ ก็คือ ตัวเธอเอง 3> จองเวร กันยา (กัลยณัฐ สีบุญเรือง) หญิงสาวคนหนึ่งผูกคอตายที่อะพาร์ตเมนต์แห่งหนึ่ง รูปการณ์ดูเหมือนว่าเธอจะฆ่าตัวตาย แต่ นพ (พีท ทองเจือ) นายตำรวจหนุ่มอนาคตไกลกลับไม่เชื่อเช่นนั้น เขาเชื่อว่ามันมีเงื่อนงำอะไรอยู่เบื้องหลัง ถึงแม้ผู้บังคับบัญชา (สุเชาว์ พงษ์วิไล) จะไม่ใส่ใจ จึงสืบหาประวัติของเธอ และก็เริ่มได้รู้เรื่องราวชีวิตที่เต็มไปด้วยความเจ็บปวดของเธอ ในขณะเดียวกันนพก็รู้สึกได้ว่า วิญญาณของกันยา ยังวนเวียนอยู่รอบ ๆ ตัวเขา เพื่อชี้ทางและพยายามบอกอะไรบางอย่างแก่เขา เพื่อแกะปมปริศนาการตายของเธอ ก่อนที่นพจะได้พบกับความจริงที่เขาคาดไม่ถึงในท้ายที่สุด