An orphan known as Tenma becomes one of Athena's 88 warriors known as Saints and finds himself in a war fighting against his best friend Alone who is revealed to be the reincarnation of Athena's biggest enemy, the God Hades.
เนื้อเรื่องได้กล่าวถึงเรื่องราวก่อนสงครามศักดิ์สิทธิ์ในภาคปัจจุบัน ประมาณ 243 ปี ในช่วงสงครามศักดิ์สิทธิ์ระหว่างอาเทน่าและเจ้านรกฮาเดสเมื่อครั้งก่อน แก่นของเรื่องพูดถึงความสัมพันธ์และคำสัญญาระหว่างกลุ่มเด็กกำพร้ากลุ่มหนึ่ง ประกอบด้วย เซนต์เพกาซัสชาติก่อนของเซย์ย่าที่ชื่อ "เทนมะ" ซึ่งเป็นเพื่อนรักกับ "อาโรน" ผู้ที่ถูกเลือกเป็นร่างทรงของเจ้านรกฮาเดส และเป็นพี่ชายของ "ซาช่า" เทพีอาเทน่าในภาคนี้ โดยภาคนี้จะจบลงด้วยการมีชีวิตรอดของ 2 เซนต์ คือ ไลบร้า โดโก และ เเอเรียส ชิออน ซึ่งได้เป็นเคียวโกคนใหม่ในเวลาต่อมา ตามเนื้อเรื่องของเซนต์ เซย์ย่า ภาคแรก