The city's academies are divided into their own districts and are considered mostly independent.

The General Student Council acts as a governing board to manage the academies as a whole. However, the group's ability to govern has come to a halt since the mysterious disappearance of the General Student Council president. Countless issues have begun to surface throughout Kivotos in the absence of the president's leadership.

To avoid disaster, the General Student Council requests assistance from the Federal Investigation Club, otherwise known as Schale. In fact, Schale is the city's newest club and the last to be approved before the president's disappearance.

To accomplish its task, Schale relies on the guidance of a Sensei who can help them resolve the incidents around Kivotos.
บลูอาร์ไคฟ์ จะเล่าเรื่องราวผ่านตัวละคร ฮารุกะ ซากุระ ย้ายเข้าโรงเรียนฟูริน ไฮสคูล ซึ่งขึ้นชื่อเรื่องพวกอันธพาลพละกำลังโหด นักเรีนที่นี่ใช้พละกำลังนั้นปกป้องเมืองจากเหล่าร้ายที่มาคุกคาม ทว่าฮารุกะไม่ได้สนใจเป็นฮีโร่หรือร่วมทีมใดๆ เป้าหมายของเขาคือการต่อสู้ไต่เต้าขึ้นไปเป็นที่หนึ่งเท่านั้น!

เมืองแห่งการศึกษาที่แบ่งเขตการปกครองตัวเองคิโวทอส หลังจากประธานสภานักเรียนนักศึกษาฝ่ายบริหารหายตัวไปอย่างลึกลับ คิโวโทสก็พลอยหยุดชะงักไปด้วย ส่งผลให้เกิดปัญหาต่างๆ มากมายโผล่ขึ้นทั่วเมือง เพื่อที่จะหยุดยั้งหายนะที่อาจจะเกิดขึ้น สภานักเรียนนักศึกษาฝ่ายบริหารจึงได้ขอความช่วยเหลือจากสโมสรนักสืบของรัฐบาลที่ชื่อว่า ชาล ซึ่งเป็นสโมสรที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่ล่าสุด และได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งเป็นสโมสรสุดท้าย ก่อนที่ประธานสภานักเรียนนักศึกษาฝ่ายบริหารจะหายตัวไป