In the near future, a sudden and unexplained sea rise has left much of human civilization underwater. Ikaruga Natsuki, a boy who lost his mother and one of his legs in an accident some years earlier, returns disillusioned from a harsh life in the big city to find his old countryside home half-swallowed by the sea. Left without a family, all he has to his name is the ship and submarine left to him by his oceanologist grandmother, and her debts. His only hope to restore the dreams for the future that he has lost is to take up an opportunity presented to him by the suspicious debt collector Catherine. They set sail to search the sunken ruins of his grandmother's laboratory in order to find a treasure rumor says she left there. But what they find is not riches or jewels; it is a strange girl lying asleep in a coffin at the bottom of the sea, Atri. Atri is a robot, but her appearance and her wealth of emotions would fool anyone into thinking she's a living, breathing hในอนาคตอันใกล้ที่พื้นผิวโลกส่วนใหญ่จะจมลงสู่ทะเลเนื่องจากระดับน้ำทะเลที่สูงขึ้นอย่างไม่ทราบสาเหตุ นัตสึโอะ อิคารุกะ เด็กชายที่สูญเสียขาข้างหนึ่งไปจากอุบัติเหตุสมัยเด็ก เขาละทิ้งชีวิตในเมืองและย้ายไปอยู่เมืองชนบทริมทะเล สิ่งที่เหลืออยู่สำหรับเขาที่ตัวคนเดียวคือเรือ เรือดำน้ำ หนี้ของคุณยายของเขาซึ่งเป็นนักธรณีวิทยาทางทะเล เพื่อฟื้น "อนาคตที่หายไป" ของเขากลับคืนมา นัตสึโอะจึงดำน้ำลงไปเพื่อค้นหาโกดังใต้น้ำที่กันว่ามีมรดกของคุณยายหลับใหลอยู่ในนั้น และสิ่งที่เขาพบที่นั่นคือ อาโทริ หญิงสาวลึกลับคนหนึ่ง กำลังนอนหลับอยู่ในอุปกรณ์ที่มีลักษณะคล้ายโลงศพ เธอเป็นหุ่นยนต์ที่มีความซับซ้อนและมีอารมณ์ความรู้สึกมากจนอาจถูกเข้าใจผิดว่าเป็นมนุษย์ได้ อาโทริที่ได้รับการช่วยเหลือจากพื้นมหาสมุทรกล่าวว่า ”ฉันอยากทำคำสั่งสุดท้ายที่มาสเตอร์ทิ้งไว้ให้สำเร็จ ฉันจะเป็นขาให้คุณนัตสึโอะจนกว่าจะถึงวันนั้นค่ะ!“ ในเมืองอันเงียบสงบที่กำลังจะจมลงสู่ทะเล ฤดูร้อนที่ไม่อาจลืมได้ของเด็กหนุ่มของหุ่นยนต์เด็กสาวกำลังจะเริ่มต้นขึ้น…uman being.