วันเวลาผ่านไปกว่า 25 ปี นับจากการปรากฏตัวครั้งสุดท้ายของเหล่าอุลตร้าแมนบนโลกมนุษย์ บัดนี้ โลกที่สงบสุขกำลังจะถูกคุกคามจากเหล่าสัตว์ประหลาด และมนุษย์ต่างดาวผู้ชั่วร้ายอีกครั้ง เจ้าพ่ออุลตร้า ผู้บัญชาการกองกำลังพิทักษ์จักรวาล นครแห่งแสงสว่าง ได้มอบหมายให้อุลตร้าแมนเมบิอุส นักรบหนุ่มมือใหม่ ผู้ได้รับการฝึกฝนวิชาการต่อสู้จากอุลตร้าแมนทาโร่ มาประจำการบนโลกมนุษย์ เพื่อทำหน้าที่ปกป้องโลกให้พ้นจากภยันตราย และเพื่อเรียนรู้สิ่งสำคัญล้ำค่าจากโลกมนุษย์ เฉกเช่นเหล่าอุลตร้าแมนรุ่นพี่ในอดีต เมบิอุสเดินทางมาแฝงตัวอยู่บนโลกในร่างของ ฮิบิโนะ มิไร เด็กหนุ่มผู้มีจิตใจบริสุทธิ์ และได้พบกับเพื่อนหนุ่มสาวชาวโลก ร่วมกันเป็นสมาชิกหน่วย Crew Guys ชุดใหม่ ร่วมกันปกป้องโลก และสานต่อมิตรภาพอันยาวนานระหว่าง มนุษย์โลก กับ เพื่อนร่างยักษ์สีเงิน ผู้มาจากนครแห่งแสงสว่าง