เรื่องราวเกิดขึ้นในปีค.ศ. 2199 เมื่อโลกถูกรุกรานโดยจักรวรรดิกามิลัส ที่บังคับให้เลือกว่าจะยอมตกเป็นทาสหรือสูญพันธุ์ มนุษย์เลือกที่จะต่อต้านจึงถูกระดมยิงด้วยระเบิดอุกกาบาต ซึ่งบรรจุด้วยกัมมันตภาพรังสีที่เป็นเหตุให้พื้นผิวโลกแห้งแล้งจนต้องอพยพลง ไปอยู่ใต้ดิน เมื่อกัมมันตภาพรังสีแทรกซึมเข้าสู่ฐานที่มั่นสุดท้ายของมนุษย์ กองกำลังพิทักษ์โลกที่เป็นหน่วยงานพิเศษต่อต้านจักรวรรดิกามิลัส จึงขุดโครงการนำเรือประจัญบานยามาโตะที่ถูกยิงจมในสงครามโลกครั้งที่สอง มาดัดแปลงใช้เป็นยานอวกาศเพื่อทำภารกิจค้นหาดาวเคราะห์อิสแกนดา และนำเครื่องกำจัดกัมมันตภาพรังสีมาเยียวยาโลก โดยพวกเขามีเวลาปฏิบัติภารกิจเพียง 364 วันก่อนที่ทุกอย่างจะสายเกินไป